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SUMMARY:環境構築なしで始める配列解析：ブラウザPython×W
 asmで実現するアラビカコーヒーのサブゲノム解析 - 廣
 田 哲也 (Tetsuya Hirota)
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DESCRIPTION:この発表では、ブラウザ上で動作するPython実
 行環境（Pyodide）とWebAssemblyを組み合わせ、配列解析な
 どの軽量なバイオインフォマティクス処理を「環境構
 築なし」で実行できるツール（[Pyowasm](https://github.com/dog
 run-inc/pyowasm)）の設計と実装について紹介します。\n\nバ
 イオインフォマティクスでは、CWLやNextflowなどを用いて
 複数ツールを組み合わせた解析が一般的ですが、その
 実行には依存関係の解決や環境構築が必要となり、小
 規模な解析や試行においては大きな負担となります。
 本ツールは、この「軽い処理のための重い準備」を解
 消することを目的としています。特に、試行的な解析
 を素早く行いたい研究者や、環境構築に不慣れなユー
 ザーにとって有効です。\n\n紹介する実装では、高級コ
 ーヒーとして知られるアラビカ種（Coffea arabica）のサブ
 ゲノム解析を題材にします。アラビカ種はカネフォラ
 種とエウゲニオイデス種の交雑による異質四倍体であ
 り、本ツールを用いて、どちらの親種由来の遺伝子が
 発現しているかを配列レベルで特定するオーソログ解
 析（RBH）を、複雑な環境なしに実行できることを示し
 ます。\n\nこのようなブラウザ上での解析実行を可能に
 するために、PythonとJS/Wasmのランタイムを跨ぐブリッジ
 設計に加え、ブラウザ環境では既存の高速アライメン
 トツール（DIAMONDなど）が利用できないという制約を踏
 まえ、k-merベースの探索手法をPythonで再設計しました。
 さらに、コード管理と配布を両立する自動化の仕組み
 をどのように構築したかを解説します。これにより、
 ブラウザ上でPythonベースの解析ツールを設計・配布す
 るための実践的なアプローチを示します。
LOCATION:Conference Office
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